L'Alliance Evangélique Française est une association régie par la loi du 1er juillet 1901 et par ses propres statuts. Elle est administrée par un Conseil National dont le Bureau assure la gestion courante de l'association.
L'Assemblée Générale regroupe tous les membres de l'Alliance.
Les membres de l'Alliance Evangélique d'une même localité, voire d'une région, constituent le groupe local ou régional de l'Alliance.
Nommé par le Conseil National, le Secrétaire Général anime la vie de l'Alliance. Différentes commissions peuvent être mises en place pour répondre à des besoins spécifiques.